Фамилия Киржаев напрямую связана с историей русского раскола XVII века. Её основа — прозвище Киржай, которое давали старообрядцам. Слово «кержай» (с чередованием е/и) происходит от названия реки Керженец в Нижегородской области. На её берегах в глухих лесах после церковной реформы Патриарха Никона (1652–1666) селились те, кто не принял новые обряды: троеперстие вместо двуперстия, тройную «аллилуйю», хождение против солнца и исправленные книги. Керженец стал одним из главных центров старообрядчества, а слово «кержак» или «кержай» — нарицательным именем для всех раскольников, независимо от места жительства. Со временем прозвище Киржай закрепилось за конкретным человеком, а его потомки стали Киржаевыми.

Чередование к/к’ и е/и (Кержай → Киржай) — нормальное историческое явление для русских говоров и фамилий: гласный мог редуцироваться или меняться под влиянием аканья. Суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — сын Киржая), что типично для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён.

Старообрядцы подвергались жёстким преследованиям: указ царевны Софьи 1685 года фактически ставил их вне закона. Многие бежали на окраины страны — в Сибирь, на Урал, в Поморье. Поэтому фамилия Киржаев встречается не только в Поволжье, но и в регионах, куда уходили общины староверов. Встречаются варианты написания: Кержаев, Киржаков, Киржач — все они восходят к тому же корню, но Киржаев — одна из наиболее устойчивых форм.

Таким образом, носитель фамилии Киржаев почти наверняка происходит из старообрядческой среды, а его предок получил прозвище по месту или образу жизни, а не по имени или профессии. Это редкий случай, когда фамилия хранит память не о ремесле, а о религиозном и социальном конфликте, расколовшем русское общество на два века.