Фамилия Киржацкая напрямую отсылает нас к двум тесно связанным понятиям: к старообрядцам и к городу Киржач. В основе фамилии лежит прозвище Киржак (или Киржацкий). В старину кержаками (с корневым «е») называли старообрядцев — по названию реки Керженец, где находился один из главных центров старообрядчества. Чередование «е/и» в корне (Кержак — Киржак) — естественное историческое изменение, которое закрепилось в произношении и письме.

Согласно второй, не менее правдоподобной версии, фамилия образована от названия города Киржач во Владимирской области. В этом случае предок носительницы фамилии мог быть выходцем из этого города или его окрестностей. Связь здесь тоже не случайна: Киржач исторически был одним из оплотов старообрядчества, так что обе версии, по сути, сходятся в одном корне. Суффикс -ск- указывает на принадлежность к месту или общине: «киржацкий» — тот, кто из Киржача или из кержаков.

Модель образования фамилии — типичная для русских фамилий на -ский/-цкий, которые в XVIII–XIX веках часто получали выходцы из духовного сословия и купечества, а также переселенцы, желавшие подчеркнуть своё происхождение. Фамилия Киржацкая — женская форма, указывающая на то, что родоначальником был мужчина по прозвищу или фамилии Киржацкий.