Фамилия Киржацких нечасто встречается, и её происхождение вызывает споры, в которых сталкиваются история раскола и география центральной России. В основе фамилии лежит прозвище Киржак — севернорусский вариант слова «кержак». Так в старину называли старообрядцев: название пошло от реки Керженец в Нижегородской области, где в XVII–XVIII веках находились крупные скиты, укрывавшиеся от церковной реформы. Чередование гласных е/и в корне — естественный процесс в живой речи, поэтому Кержак легко превращался в Киржака. Если предок был именно старообрядцем, фамилия указывала на его веру и образ жизни, а не на место рождения.

Вторая версия связывает фамилию с городом Киржач во Владимирской области. В этом случае родоначальник Киржацких — выходец из этого населённого пункта, и фамилия отвечает на вопрос «откуда?». Название города, по-видимому, имеет финно-угорские корни: в мокшанском и эрзянском языках слова «кержи», «керч» или «керш» означают «левый». Первое упоминание Киржача относится к 1328–1332 годам, а по легенде, его основал Сергий Радонежский. Уездным центром город стал в 1778 году по указу Екатерины II. Если фамилия образована от топонима, то она моложе самого города и могла закрепиться за крестьянами или мещанами, переселившимися из Киржача в другие земли.

Форма Киржацких — с окончанием -их — указывает на северный или сибирский тип фамилий, распространённый в Архангельской, Вологодской, Вятской губерниях и за Уралом. Такие фамилии отвечали на вопрос «чьи?» и обозначали целый род или семью: Киржацкие — то есть «люди из дома Киржака» или «выходцы из Киржача». Эта модель образования встречается реже, чем фамилии на -ов или -ин, и часто говорит о более позднем закреплении фамилии в крестьянской среде. Таким образом, независимо от того, лежит ли в основе прозвище старообрядца или название города, фамилия Киржацких хранит память о человеке, которого окружающие знали по его происхождению или вере.