Фамилия Киржацкий — редкий случай, когда географическая основа почти наверняка перевешивает любую другую версию происхождения. Она образована от названия города Киржач во Владимирской области. Суффикс -цкий (в варианте -ский) в русских фамилиях указывает на связь с местностью: Киржацкий — «тот, кто родом из Киржача» или «живущий на реке Киржач».

Сама река Киржач — левый приток Клязьмы, а топоним, по распространённой версии, восходит к древнему мерянскому языку. Это финно-угорское племя, жившее на этих землях до славян, оставило много названий с характерными окончаниями. Корень «кирж» мог означать что-то вроде «изгиб», «кривизна» или «крутой берег». Таким образом, в основе фамилии — не личное имя и не ремесло, а гидроним и ойконим.

Типичная модель для русских дворянских и церковных фамилий — на -ский. В XVIII–XIX веках такие фамилии часто получали выпускники духовных семинарий, бравшие названия по месту рождения или по приходу. Священник из Киржача мог стать Киржацким при поступлении в училище. Однако фамилия встречается и в крестьянской среде Владимирской губернии, что говорит о её бытовании не только как искусственной семинарской, а как «географического прозвища», закрепившегося за переселенцами.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Киржáцкий. Это соответствует ударению в названии города (Киржáч) и в прилагательном «киржáцкий» (например, «Киржацкий Благовещенский монастырь»). Вариант с ударением на первый слог (Ки́ржацкий) возможен, но менее органичен для русского произношения.

В написании фамилии есть орфографическая тонкость: в современном русском языке правильно писать Киржацкий (через «а»), а не «Киржецкий». Это следует из правила: под ударением в суффиксе после шипящих и «ц» пишется «а» (ср. «киржацкий» — от «Киржач»). В дореволюционных метриках можно встретить написание «Киржацкій» или «Киржацкой», но путаницы с «е» практически не бывает.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Киржацкий стоит особняком. Есть фамилии Киржаев, Киржаков, Киржанов — они образованы от прозвища «Киржак» (возможно, от диалектного «кирж» — «упрямец» или от тюркского имени). Но Киржацкий жёстко привязан к топониму: суффикс -ский нехарактерен для прозвищ, он «притягивает» фамилию к месту. Поэтому, если вы Киржацкий, ваши предки с высокой вероятностью жили на Владимирской земле, в окрестностях Киржача, и их фамилия — это метка малой родины, а не описание внешности или характера.