Фамилия Киржакина — женская форма фамилии Киржакин, и её происхождение напрямую связано с названием города Киржач во Владимирской области. Основа фамилии — топоним «Киржач» (река и город), а суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Киржакин буквально означает «сын человека из Киржача» или «житель с Киржача». Это типичная «географическая» фамилия, образованная по модели, распространённой в центральной России: человек, переехавший из одного места в другое, получал прозвище по прежнему месту жительства, которое затем закреплялось за его потомками.

Сам топоним Киржач имеет мерянское или финно-угорское происхождение. По одной из версий, слово «киржач» означало «глухой лес» или «лесная речка». Город Киржач известен с XIV века как слобода при Благовещенском монастыре, основанном Сергием Радонежским. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть выходцем из этого региона — крестьянином, ремесленником или монастырским работником, который переселился в другую губернию.

Фамилия Киржакин — относительно редкая. Её отличительная черта — чёткая географическая привязка, а не прозвище по профессии или личному качеству. В отличие от фамилий на «-ский» (Киржачский), которые часто получали дворяне и духовенство, форма на «-ин» характерна для крестьянской и мещанской среды. Поэтому в большинстве случаев Киржакины — потомки простых людей, для которых название родного города стало родовым именем.

Встречаются варианты написания: Киржачкин (с суффиксом «-к-», указывающим на уменьшительную или пренебрежительную форму прозвища) и Киржаков (с суффиксом «-ов», также возможный вариант от того же топонима). Однако форма Киржакин — самая распространённая и этимологически прозрачная.