Фамилия Кержин — одна из тех, что выбивается из ряда привычных моделей на -ов/-ев или -ин, хотя формально притяжательный суффикс -ин в ней есть. Вопрос в основе: откуда взялось «Кержа»? Самый прямой ответ — из диалектного слова «кержак». Так в Сибири и на Урале называли староверов, бежавших от реформ Никона и селившихся по реке Керженец (Нижегородская губерния). Отсюда же названия реки, деревень и прозвище «кержак» — человек суровый, замкнутый, приверженный старой вере. Со временем прозвище «Кержа» или «Кержак» могло закрепиться за человеком, а его потомки стали Кержиными.

Но есть и менее очевидная версия, которую стоит рассмотреть. В говорах Русского Севера «кержа» — это не только старовер, но и вообще диковатый, нелюдимый человек, живущий в глуши. Такое прозвище могли дать и не за веру, а за характер. Фамилия могла возникнуть независимо в разных регионах — там, где слово «кержак» было в ходу. Это объясняет, почему Кержины встречаются не только в Нижегородской области, но и в Зауралье, хотя в целом фамилия редкая.

Словообразовательно фамилия проста: основа «Керж» (усечение от «кержак» или прозвище «Кержа») плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Кержин, то есть сын Кержи. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от полных форм имён или названий профессий, -ин здесь типичен для прозвищ, оканчивающихся на -а.

Никаких дворянских корней у Кержиных нет — это фамилия крестьянская, старообрядческая. В дореволюционных переписях она почти не встречается за пределами старообрядческих сёл. После революции, когда гонения на староверов ослабли, носители фамилии расселились шире, но до сих пор Кержиных немного: по данным современных ресурсов, в России живёт не больше нескольких сотен человек. Фамилия не изменила форму — никаких вариантов вроде Кержов или Кержев не зафиксировано, что говорит о её позднем и локальном закреплении.