Фамилию Кержнёва стоит разбирать через мужскую форму — Кержнёв. Это отчество, образованное от прозвища или нецерковного имени Кержень. Основа здесь — топоним Керженец, название реки в Нижегородской области, левого притока Волги. В XVII веке на реке Керженец возникли старообрядческие скиты; «керженцами» называли не только жителей этих мест, но и вообще раскольников-староверов. Так что прозвище Кержень могло указывать на человека из тех краёв или на приверженца старой веры — прямой и яркий признак.

Суффикс -ев в фамилии типичен для патронимов от основ на мягкий согласный или на -ь. Кержень дало Кержнев, а форма Кержнёв — результат фонетического изменения под ударением: беглый гласный выпал, а ё закрепилось на письме. Такая модель встречается реже, чем стандартное Керженцев (от Керженец), и это делает фамилию более локальной и редкой. По сути, перед нами не географическая фамилия в чистом виде, а прозвищное отчество, закрепившееся в одном из говоров.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью, особенно к Нижегородской области и соседним регионам, где память о керженских скитах жива до сих пор. Встречается она нечасто, что типично для прозвищ с узкой территориальной привязкой. Социальный срез — скорее всего, крестьянская или мещанская среда: прозвище, данное по вере или месту выхода, легко становилось уличным, а затем и родовым именем.

Сравните с однокоренными фамилиями: Керженцев, Кержаков, Керженский. Кержаков — тоже от «кержак», то есть старовер, но с суффиксом -ак, что характерно для северных и сибирских говоров (переселенцы уносили прозвище с собой). Кержнёв же осталось в более узком ареале, ближе к истоку — самой реке Керженец и её окрестностям.