Фамилия Киржнева образована от мужского имени Киржень — редкой народной формы крестильного имени Кирилл. В русских говорах имя Кирилл переиначивали на свой лад: Киря, Кирюха, Кирша, а в некоторых диалектах — Киржень. Основа та же, что и в фамилиях Киржаков, Кирьянов, но суффикс -ень указывает на уменьшительно-ласкательную форму, что характерно для прозвищного имени в северных и центральных губерниях России.

Фамилия Киржнева — женская форма, мужская — Киржнев. Она принадлежит к типичной модели русских фамилий на -ев, которые образовывались от основ на мягкий согласный (в данном случае от «Киржень»). Такая модель была особенно распространена в XVII–XIX веках среди крестьян и мещан, когда фамилии закреплялись по отцу: Киржнев буквально означает «сын Кирженя».

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «киржень» могло иметь самостоятельное прозвищное значение. В архангельских и вятских диалектах «киржень» — это коряга, суковатое дерево, а также упрямый, несговорчивый человек. Вполне вероятно, что прозвище Киржень дали не по имени, а по характеру или внешности. Спор между этими версиями решается просто: фамилия Киржнева встречается в основном в тех же регионах, где имя Кирилл переделывали в Киржень (Владимирская, Нижегородская, Костромская области), так что связь с крестильным именем выглядит убедительнее.

Однокоренные фамилии — Киржнев, Киржаков, Киржеманов — указывают на одно гнездо, но различаются суффиксами. Киржнева — самая скромная и прямая по форме, без наращений вроде -ак или -ман, что говорит о позднем и простонародном происхождении. Сословно предки Киржневых, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, а не дворянами: фамилия не попала в родословные книги, а осталась в бытовом обороте.