Фамилия Киржиновы — редкий случай, когда географический ключ к происхождению лежит почти на поверхности. Её основа — топоним Киржач: город и река во Владимирской области. Скорее всего, предок носителей этой фамилии был выходцем с берегов Киржача или жил в одноимённом селе (ныне город). Переход звука «ч» в «ж» — характерная черта северо-восточных русских говоров, где аканье и замена аффрикат на шипящие встречались повсеместно. Так Киржач превращался в Киржак, а житель — в Киржакова или Киржинова.

По словообразовательной модели это типичная «географическая» фамилия на -ов. Суффикс -ин здесь маловероятен: основа Киржа/Киржач не даёт беглой гласной, характерной для притяжательных форм (сравните: Илья — Ильин, Кузьма — Кузьмин). Вариант Киржинов образован от прозвища Киржан (или Киржак) — так называли человека, переселившегося с Киржача. В XVI–XVII веках, когда шло активное заселение Заволжья и Поволжья, прозвища по месту прежнего жительства были одним из главных способов отличать людей в новых общинах.

Есть и вторая, менее вероятная версия — от тюркского имени Киржин (или Киржан), которое могло означать «сорок» или быть вариантом имени Кержан. Но для этого нет прямых доказательств, а владимирский след выглядит убедительнее: фамилия устойчиво фиксируется именно в центральных и восточных областях России, а не в регионах с сильным татарским влиянием.

В дореволюционных метрических книгах Киржиновы встречаются в основном среди крестьян и мещан Владимирской, Костромской и Нижегородской губерний. Дворянских родов с такой фамилией не обнаружено. Ударение, судя по говорам, падает на первый слог: Ки́ржиновы. В написании иногда путают с фамилией Киржаков, но это разные ответвления одного корня: Киржаков — от прямого прозвища Киржак (житель Киржача), а Киржинов — от его уменьшительной или обиходной формы Киржан.