Фамилия Киршин — один из примеров того, как полное церковное имя со временем превратилось в прозвище, а затем закрепилось в качестве родового имени. В её основе лежит имя Кирилл, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. Древнегреческое «kyrios» означает «господин, владыка», а уменьшительная форма «Кир» дала жизнь народному варианту «Кирша» — «маленький господин».

Именно эта разговорная, обиходная форма имени — Кирша — и стала прямым источником фамилии. Такая модель образования типична для русских фамилий на -ин: суффикс указывает на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?». Киршин буквально означает «сын Кирши» или «потомок Кирши». В старых документах можно встретить и другие варианты написания — Киршов, но форма с суффиксом -ин закрепилась как основная, что говорит о давней традиции бытования именно в северных и центральных русских говорах, где такие модели особенно распространены.

Сложно сказать, в какой именно местности и в каком веке фамилия появилась впервые — процесс становления родовых имён на Руси растянулся на несколько столетий. Однако ясно, что предки современных Киршиных носили имя Кирилл, которое в быту звучало как Кирша. Это имя давали в честь святых Кирилла и Мефодия, просветителей славян, и святого Кирилла Александрийского, поэтому носителей имени было много, а значит, и фамилия не стала редкой.