Фамилия Кирш образована от имени Кирша — одной из обиходных, народных форм христианского имени Кирилл. Само имя Кирилл восходит к древнегреческому слову «kyrios» — «господин, владыка», а уменьшительный суффикс придавал ему значение «маленький господин». В русском быту имя Кирилл имело множество производных форм, и Кирша — одна из них. Именно от неё, через усечение суффикса -а (по модели, когда прозвище или имя переходит в фамилию без дополнительного патронимического суффикса), и возникла фамилия Кирш.

Эта модель образования — от краткой формы имени без прибавления типичных русских суффиксов -ов, -ев или -ин — встречается реже, чем, скажем, Киршов или Киршин. Она характерна для фамилий, которые могли закрепиться в среде, где имя было прозвищным, или у носителей, говоривших на диалектах, допускающих такое усечение. В западных и южных регионах России, а также в среде немецких колонистов (где фамилия Кирш тоже встречается, но с другим корнем — от немецкого Kirsche «вишня») такая форма могла бытовать параллельно.

Таким образом, основная версия происхождения фамилии Кирш — русская, от имени Кирша, уменьшительной формы от Кирилл. Значение исходного имени («господин, владыка») через эту цепочку перешло и на фамилию, хотя в повседневности за ней стояло просто семейное прозвище по имени предка.