Фамилия Киршина образована от имени Кирша — одной из народных, обиходных форм крестильного имени Кирилл. Это имя пришло на Русь вместе с христианством из Византии, а его корень восходит к древнегреческому слову «kyrios», то есть «господин, владыка». Собственно, имя Кирилл — уменьшительная форма от более древнего Кир, поэтому его буквальное значение — «маленький господин». В русской бытовой среде, где имена часто упрощали и укорачивали, полное имя Кирилл превратилось в Кирша — так же, как Гаврила пошло от Гавриила, а Миша — от Михаила.

Фамилия Киршина построена по самой распространённой в восточнославянском ономастиконе модели: к основе Кирш- добавляется суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Киршина буквально означала «дочь (или жена) Кирши». В русских семьях фамилии с -ин закреплялись за потомками мужчины, которого в округе знали по имени или прозвищу Кирша. Таким образом, предок современных носительниц фамилии Киршина был человеком по имени Кирша, то есть Кириллом.

Стоит отметить, что фамилия Киршина — женская форма; мужской вариант — Киршин. Обе формы распространены преимущественно в центральных и северных регионах России, где суффикс -ин традиционно преобладал над -ов/-ев. Встречаются также однокоренные фамилии: Кирсанов, Кирьянов, Кирюхин — все они восходят к разным производным от имени Кирилл, но Киршина выделяется своей краткой и звонкой основой.