Фамилия Киршинина — женская форма от Киршинин, а та, в свою очередь, образована от имени или прозвища Кирша. Здесь мы сталкиваемся с редкой словообразовательной моделью. В русской ономастике фамилии на -инин встречаются нечасто: они возникали, когда к основе на -ин добавляли ещё один патронимический суффикс -ин, то есть Кирша → Киршин → Киршинин. Буквально: «внук или потомок того, кого звали Кирша». Двойной суффикс — верный признак того, что фамилия закрепилась не сразу, а прошла через два поколения: сначала отца назвали по сыну (Киршин), а потом уже внуков записали с наращением.

Основа Кирша — это народная, разговорная форма крестильного имени Кирилл. В русских говорах имя Кирилл часто сокращали и переделывали: Кир, Кира, Кирша, Кирюха. Имя греческого происхождения, означает «господин» или «владыка». Так что в основе фамилии лежит вполне благородный корень, хотя в быту Киршей могли назвать любого крестьянина, носившего это имя. В некоторых диалектах слово «кирша» имело и нарицательное значение — так в рязанских и тамбовских говорах называли глиняный кувшин или кринку, но это значение, скорее всего, вторично и не связано с происхождением фамилии напрямую.

Географически фамилия Киршинин тяготеет к северным и центральным областям России. В архивных записях XVII–XVIII веков носители фамилии встречаются в Вологодской, Костромской и Вятской губерниях — там, где имя Кирилл было особенно популярно. Встречаются и варианты написания: Киршенин, Киршинов, но Киршинин — самый редкий и архаичный по форме.

Сословная принадлежность предков Киршининых, скорее всего, крестьянская или посадская. Двойной суффикс -инин часто встречается именно в крестьянской среде, где фамилии складывались стихийно, без вмешательства приказных людей. Дворянские роды с таким окончанием единичны и почти всегда имеют другую этимологию. Так что предки современного носителя фамилии — это, вероятно, свободные или государственные крестьяне, жившие на севере или северо-востоке России.