Фамилия Киржой — редкий случай, когда географическое название перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свою исходную форму. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, которые образуются с помощью суффиксов -ов, -ев, -ин (Киржов, Киржин), здесь мы видим чистую основу. Это указывает на то, что фамилия, скорее всего, имеет не великорусское, а украинское, молдавское или румынское происхождение, где такие модели (Ткач, Коваль, Киржой) встречаются гораздо чаще.

Корень слова «кирж» восходит к тюркскому «керж» или «керчь», что означает «сухой, твердый, заскорузлый». В диалектах русского языка «кирж» или «киржа» — это засохшая грязь, нарост на дереве, а также прозвище неопрятного или упрямого человека. Однако более вероятно, что основа фамилии — топонимическая. На карте Молдовы и Приднестровья есть несколько сел с названием Киржой, Киржоая, Киржова. В таком случае фамилия указывает на выходца из конкретного места: «Киржой» — это «тот, кто из Киржоя». Окончание -ой в этом контексте работает как молдавский/румынский артикль, закрепившийся в названии.

Словообразовательная модель Киржой — по сути, усеченная: прозвище или географическое название стали фамилией без дополнительных суффиксов. Это характерно для фамилий, которые оформлялись в среде, где фамилии были нужны для бытового отличия, а не для официального учета в ревизских сказках. Носители фамилии Киржой — это, скорее всего, потомки крестьян или казаков из южнорусских, украинских или молдавских земель, где подобные бессуффиксные фамилии были нормой (например, Кривой, Глухой, Шумей).

Есть и вторая, менее вероятная версия: что Киржой — это искаженная форма от имени Киржак (каноническое Кириак, от греч. «господний»). Но в этом случае мы бы ожидали фамилию Киржаков или Киржаковский. Форма Киржой слишком специфична и лексически привязана к местности, чтобы быть просто фонетическим вариантом церковного имени. Скорее всего, перед нами именно прозвище или «географический идентификатор», который со временем закрепился за родом.