Фамилия Киржева образована от прозвища или мирского имени, в основе которого лежит слово «киржак» или «киржа». В севернорусских говорах, особенно в архангельских и вологодских, «киржаком» называли старообрядца, приверженца «древлего благочестия». Слово происходит от названия реки Керженец в Нижегородской области — одного из центров старообрядчества в XVII–XVIII веках. Бежавших туда раскольников прозвали «кержаками», и в народной речи звук «е» перешёл в «и», а «ц» в «ж» — так появился «киржак».

Фамилия закрепилась в форме Киржев и её женский вариант Киржева. Суффикс -ев указывает на принадлежность: буквально «сын Киржака» или «из семьи Киржаковых». Модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на твёрдый согласный — как Смирнов от Смирной, Киржев от Киржак. Реже основой могло служить диалектное слово «кирж» — в некоторых говорах так называли сухой песчаный бугор, но эта версия менее вероятна: связь со старообрядцами прослеживается чётче и подтверждается географией фамилии.

Киржевы и Киржевы чаще встречаются на Русском Севере, в Поволжье и на Урале — как раз там, где оседали кержаки после раскола. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с таким прозвищем, но массово фамилия распространилась позже, после отмены крепостного права, когда бывшим государственным и удельным крестьянам стали присваивать родовые имена. Сословно Киржевы — почти всегда крестьяне или мещане, дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Однокоренные фамилии — Киржаков, Киржаев, Кержаков. Последняя стала широко известна благодаря футболисту Александру Кержакову, и её происхождение то же самое. Разница в написании — Кержаков против Киржева — объясняется местными говорами: на Севере и в Сибири «е» чаще переходило в «и», а на средней Волге сохранялось исходное «е». Так что носительница фамилии Киржева, скорее всего, потомок староверов, ушедших в леса или на северные реки от преследований церковной реформы.