Фамилия Киржев — редкий случай, когда исходное слово почти стерлось из живого языка, а фамилия осталась. Её основа — «кирж» или «киржа». В русских говорах, особенно северных и сибирских, «киржой» называли особую разновидность скипидара, а также смолистую древесину. Но прозвище Кирж чаще давали не смолокуру, а человеку с ершистым, «смолистым» характером — неуступчивому, колкому, въедливому. В некоторых диалектах «киржиться» означало упрямиться, спорить до хрипоты. Так что Киржев — потомок того, кого в деревне прозвали за неуживчивый нрав или за ремесло, связанное с дёгтем и смолой.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище Кирж плюс патронимический суффикс -ев. Форма на -ев, а не -ов, указывает, что основа оканчивалась на мягкий или шипящий согласный (ж — всегда мягкий в древнерусском). В писцовых книгах XVII века встречается фамилия Киржев в Архангельском уезде и на Вятке — как раз в зонах смолокурения и лесных промыслов. В центральных областях она практически не зафиксирована, что подтверждает северное происхождение.

Есть и вторая, менее очевидная версия: от тюркского слова «киржи» — «сорок» (ср. киргизское кырк). Но она слаба: тюркские числительные редко становились русскими прозвищами, а в документах нет следов такой адаптации. Скорее всего, это случайное звуковое совпадение, и версия со смолой и упрямством — основная.

В XIX веке фамилия Киржев оставалась локальной, не выходя за пределы северных губерний. Носители её были в основном государственными крестьянами, реже — мещанами. Сейчас фамилия встречается рассеянно, но всё ещё чаще в Архангельской, Кировской и Вологодской областях. Ударение, судя по говорам, падает на первый слог: Ки́ржев.