Фамилия Киржинов — редкий случай, где географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. Её основа — «киржин» — почти не встречается в русских говорах как самостоятельное слово. Зато она прямо указывает на тюркские корни, и скорее всего, на конкретный регион: Поволжье или Урал.

Словообразовательная модель проста и стандартна: суффикс -ов, образующий фамилии от основ, оканчивающихся на согласный (сравните: Иванов, Петров). Основа «Киржин» — это, вероятнее всего, искажённое тюркское прозвище или имя. Наиболее правдоподобная версия восходит к слову «кыржын» или «кыржан» в казахском, башкирском или татарском языках. В этих языках «кыржын» может означать «скряга», «скупой» или, в ином контексте, «упрямый», «своенравный». Прозвище давали человеку с соответствующим характером.

Менее распространённая, но тоже возможная гипотеза связывает фамилию с топонимом. В Башкортостане и Оренбургской области есть несколько речек с названием Киржа, Киржанка. В этом случае Киржинов — «выходец с Киржи» или «живущий на Кирже». Такие фамилии, образованные от названий рек, типичны для русских переселенцев, осваивавших земли вдоль Урала и Волги в XVII–XVIII веках.

Интересная особенность — редкое сочетание звуков «рж» в корне. Для русской фонетики оно нехарактерно, что лишний раз подтверждает иноязычное происхождение. Фамилия могла возникнуть в среде крещёных татар или башкир, либо у русских, долго живших в тюркоязычном окружении и перенявших прозвище.

О сословной принадлежности носителей фамилии достоверных данных нет. Учитывая ареал распространения, это могли быть государственные крестьяне, ямщики или мелкие служилые люди, например, казаки. Фамилия не получила широкого распространения за пределами Урало-Поволжья, что делает её локальной и ценной для генеалогического поиска именно в этом регионе.