Фамилия Киржиманова — редкий случай, когда географический указатель «вшит» прямо в основу. Она образована от названия реки Киржима (или Киржема), притока Волги, протекающей по территории нынешней Нижегородской области. В этом её главное отличие от большинства русских фамилий, которые обычно ведут происхождение от личного имени, профессии или внешности предка. Здесь же в основе лежит гидроним — имя водного объекта.

Модель образования типична для русского Севера и Поволжья: суффикс -ов-/-ев- присоединили к топониму, получив притяжательное прилагательное «Киржиманов» — то есть «с реки Киржимы». Такая схема встречается у фамилий Волгин, Уралов, Двинский, но Киржиманова стоит особняком из-за редкости самого гидронима. Река Киржима невелика и малоизвестна за пределами своего края, поэтому носителей фамилии исторически немного — это локальная, «гнездовая» фамилия, закреплённая за выходцами из одного района.

Вероятнее всего, первый Киржиманов — это человек, переселившийся с берегов этой реки в другое место, или же его прозвали по месту жительства. В русской ономастике такие «речные» фамилии часто давали крестьянам, которые переезжали в соседние уезды, и прозвище привязывало их к малой родине. Никаких сведений о дворянском происхождении Киржимановых нет — фамилия скорее крестьянская или мещанская, возникшая в XVIII–XIX веках, когда массово оформлялись фамилии у непривилегированных сословий.

Форма Киржиманова — женский вариант, в мужском роде фамилия звучала бы как Киржиманов. Ударение, судя по структуре, падает на второй слог: КиржИманов. Встречаются искажённые написания с буквой «е» на месте «и» — Кержеманов, но это уже влияние соседнего гидронима Керженец, который известен по старообрядческим скитам. Путать эти две реки не стоит: Киржима и Керженец — разные водотоки, хотя оба находятся в одном регионе.