Фамилия Кижапкина — женская форма фамилии Кижапкин, и её происхождение уходит корнями в мир прозвищ, а не в крестильные имена. В русской ономастике фамилии на -ин традиционно образуются от слов, оканчивающихся на -а или -я, и указывают на принадлежность к главе семьи: «чей?» — «Кижапкин», то есть сын или потомок Кижапки.

Основа фамилии — прозвище Кижапка. Самая вероятная версия связывает его с диалектным словом «кижа» или «кижать» — в ряде северных и сибирских говоров так называли кричать, визжать, издавать резкие звуки. Соответственно, Кижапкой могли прозвать крикливого ребенка, шумного человека или, напротив, того, кто обладал зычным голосом, например, глашатая или запевалу. Суффикс -апк- в прозвище — редкий и экспрессивный, он придаёт слову оттенок уменьшительности или пренебрежения, как в словах «растяпа» или «копуша». Такая словообразовательная модель характерна для народной, нелитературной речи.

Менее убедительна гипотеза о связи с тюркскими корнями, например, с «кижап» — якобы видом одежды или обуви. Следов такого слова в доступных источниках по тюркским языкам нет, а география фамилии (она встречается преимущественно в центральной России, особенно в Пензенской и Тамбовской областях) указывает на исконно русскую, диалектную основу. Возможно, в этих краях «кижапка» имела иное, местное значение, утраченное сегодня.

Фамилия редкая, недворянская. Её носители, скорее всего, происходили из крестьян или мещан, а прозвище закрепилось за одним из предков как семейное имя. В метрических книгах XIX века Кижапкины могли записываться как «Кижапкины» или, при искажении на слух, как «Кижапкины» с двойным «п» — такие варианты встречаются в архивных записях.