Фамилия Кижаппкин — один из тех редких случаев, когда написание почти полностью скрывает происхождение. Двойная «п» в середине сразу бросается в глаза: для русских фамилий такое удвоение нетипично. Скорее всего, мы имеем дело с искажением на письме, возникшим при записи фамилии в документах. Исходная форма, по всей видимости, — Кижапкин, где суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Кижапки.

Основа «Кижапк-» звучит как вариант прозвища или неканонического имени. Здесь возможны две основные версии. Первая: корень «киж-» может быть связан с диалектным словом «кижа» — в некоторых говорах так называли гниль, сырость, болотистое место, а также человека, который «кижится» (упрямится, капризничает). Вторая версия отсылает к финно-угорскому субстрату: в карельском и вепсском языках есть слова, звучащие как «кижа» или «киж» (например, «киж» — «куница», реже — «хитрый, ловкий человек»). Учитывая, что фамилия географически тяготеет к северо-западу России (Карелия, Архангельская, Вологодская области), вторая версия выглядит правдоподобнее: предок мог получить прозвище Кижапка (уменьшительное от Кижа) за сходство с куницей или за повадки.

Модель образования простая: прозвище Кижапка (или Кижапко) + притяжательный суффикс -ин. В говорах, где «а» после шипящих переходила в «е», фамилия могла звучать как Кижепкин, но письменная фиксация закрепила вариант с «а». Двойное «пп» — скорее всего, описка или гиперкоррекция: писарь, услышав звонкое «б» в середине (Кижабкин), решил, что правильнее писать с удвоенной «п», чтобы передать глухость. Такое встречается в фамилиях, записанных «на слух» в XIX веке.

Сословно фамилия не маркирована: вероятнее всего, крестьянское или мещанское происхождение. В дореволюционных списках она почти не встречается, что говорит о её локальности и малочисленности рода. Сегодня носители фамилии Кижаппкин — большая редкость, их можно встретить в основном в Карелии и соседних областях.