Фамилия Кижаевы — один из ярких примеров того, как древнее личное имя становится родовым прозвищем, а затем и фамилией. Скорее всего, её основа — дохристианское мордовское имя Кижай. Это имя, в свою очередь, восходит к эрзянскому слову «киже», что значит «гость». Вероятно, так называли долгожданного ребёнка, который «пришёл в гости» в семью.

Есть и другая, менее известная версия. Согласно ей, в основе имени лежит нарицательное «кижа» — рыхлый снег, падающий большими хлопьями. В этом случае Кижаем могли назвать младенца, родившегося во время сильного снегопада. Оба объяснения — и «гость», и «снег» — вполне правдоподобны для традиции, где имя часто давали по обстоятельствам рождения или как пожелание.

Модель образования фамилии проста и типична для восточно-финских народов: к основе Кижай прибавили русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного). Так появилась фамилия, буквально означающая «сын Кижая». Судя по распространённости, фамилия Кижаевы плотнее всего закрепилась в регионах, где исторически жили мордва (эрзя и мокша) — в Поволжье, в первую очередь в Нижегородской, Пензенской, Ульяновской областях и Мордовии. Именно там стоит искать корни рода.