Фамилия Кижайкины — редкий пример, когда корень фамилии прямо указывает на конкретное географическое место, а не на имя или ремесло предка. В основе лежит топоним Кижи — знаменитый остров на Онежском озере, ныне часть Карелии. Первые русские поселенцы, выходцы из Новгорода, начали осваивать эти земли в X–XII веках, а в летописях поселение на острове впервые упомянуто в 1496 году. Фамилия образовалась по модели, типичной для русских фамилий на -ин: от названия местности (Кижи) через прозвище Кижайка — так могли называть человека, который был родом с острова или имел к нему прямое отношение.

Само слово «Кижи» вызывает споры у лингвистов. Наиболее вероятная версия связывает его с карельским «kiža» — «игра, хоровод, игрище». Возможно, остров служил местом для языческих праздников и обрядов карельского населения, жившего здесь до прихода славян. Есть и другая гипотеза: от слова «kydiza» — «мягкий, рыхлый снег, который выпадает весной или осенью и быстро тает». Такое название могло отражать местный климат: зима на острове короткая и мягкая (средняя температура января не ниже −12 °C), а лето прохладное (июль редко теплее +18 °C), что обеспечивается отсутствием холодных северных ветров.

Фамилия Кижайкин — не массовая, а штучная. Её носители, скорее всего, потомки крестьян или рыбаков из тех мест, где фамилии закреплялись позже, чем в центральной России. Точное время появления фамилии установить трудно: процесс формирования таких «географических» фамилий был долгим. Но ясно одно: в отличие от множества фамилий, оторванных от корня, Кижайкины сохранили прямую связь с конкретным местом — знаменитым островом с уникальной деревянной архитектурой и древней историей.