Фамилия Кижаев образовалась от дохристианского мордовского имени Кижай. Вероятно, оно восходит к эрзянскому существительному «киже», которое в переводе на русский язык имеет значение «гость». Скорее всего, подобное имя получил долгожданный и любимый ребенок. Кроме этого, есть версия, что в основе имени Кижай лежит нарицательное «кижа» в значении «рыхлый снег, падающий большими хлопьями». В этом случае имя Кижай мог получить ребенок, родившийся во время снегопада. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Кижай, со временем получил фамилию Кижаев.