Фамилия Кижаева образована от мужского прозвища или имени Кижай, а оно, скорее всего, восходит к тюркскому слову «кыжы» или «кижи», что значит «человек» или «мужчина». В тюркских языках, особенно в татарском, башкирском и казахском, «кеше» или «киши» — это именно «человек», «лицо». Прозвище Кижай могли дать пришлому человеку, чужаку, или же оно могло быть личным именем-оберегом, распространенным у народов Поволжья и Урала.

Модель образования проста и типична для русских фамилий: к основе на -ай (Кижай) добавили типичный русский суффикс принадлежности -ев. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или на й. Фамилия Кижаева — это женская форма, а мужская — Кижаев. Такой способ словообразования характерен для фамилий, которые фиксировались в документах в XVI–XVIII веках, когда крестьян и посадских людей заносили в переписи по отцу: «Иван Кижаев» означало «Иван, сын Кижая».

Географически фамилия тяготеет к регионам бывшего Казанского ханства и Урала: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Самарская области. Это косвенно подтверждает тюркское происхождение основы. Встречается также в центральных областях России, но значительно реже. В словарях русских фамилий, например у Б. Унбегауна, подобные модели с тюркскими корнями на -ай подробно разбираются: они пришли в русскую антропонимию через межэтнические контакты.

Интересная деталь: если бы фамилия писалась через «ы» — Кыжаев — она бы почти наверняка указывала на прямое заимствование из татарского «кыжа» (сват, родственник по браку). Но форма с «и» делает основу менее однозначной: это могло быть и личное имя, и прозвище, связанное с профессией (например, «кижа» в некоторых говорах — это бортник, лесной пчеловод), и даже диалектное русское слово «кижа» (кислый, сырой, мокрый — о погоде или человеке). Однако тюркская версия выглядит убедительнее из-за распространенности фамилии в Поволжье.

В дореволюционных списках фамилия встречается среди государственных крестьян и мещан. Сословной элиты среди Кижаевых не зафиксировано — это фамилия простых людей, ремесленников, земледельцев, мелких торговцев. Носители фамилии могли быть потомками татарских мурз, перешедших в православие и обрусевших, или же русских, взявших прозвище от соседей-тюрок.