Фамилия Кижакин на первый взгляд кажется простой, но её основа неочевидна. В ней выделяется суффикс -ин, который в русских фамилиях чаще всего указывает на принадлежность к отцу: «чей сын?» — Кижакин, то есть сын Кижаки. А вот с корнем «Кижак» всё сложнее.

Самая вероятная версия связывает фамилию с прозвищем или именем Кижак, которое образовано от слова «кижак» или «кижа». В северных русских говорах, особенно в Архангельской и Вологодской областях, «кижа» — это мох, растущий на болоте, или топкое место. Соответственно, Кижаком могли прозвать человека, жившего у болота или промышлявшего сбором мха (его использовали для конопачения изб). Менее распространённое значение — «кижа» как куча, ворох чего-либо, и прозвище могло относиться к неопрятному или неуклюжему человеку.

Существует и другая, более редкая гипотеза: фамилия могла возникнуть от тюркского корня. В казахском и татарском языках «кыжак» означает «кривой» или «изогнутый», что могло стать прозвищем человека с характерной внешностью (например, кривоногого). Однако географическое распространение фамилии (она встречается преимущественно в центральной России и Поволжье, а не в тюркоязычных регионах) делает эту версию менее правдоподобной.

Фамилия Кижакин — редкая. В дореволюционных источниках она почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении или локальном бытовании в среде крестьян и мещан. По модели образования она ничем не примечательна — типичный патроним на -ин, каких тысячи. Но именно корень «Кижак» выделяет её из ряда однокоренных фамилий вроде Кижин или Кижкин, указывая на конкретное природное или бытовое прозвище, а не на имя в святцах.