Фамилия Кижакина хранит память о происхождении человека, передаваясь из поколения в поколение. Её основа — имя Кижака (или Кижайка), которое восходит к мордовскому имени Кежей. В свою очередь, Кежей образовано от эрзянского слова «кежей», то есть «сердитый, злой». Такое имя могло отражать черты характера младенца — основатель рода Кижакиных, возможно, был в детстве малообщительным и малоулыбчивым. Но у этого имени есть и другая, охранная, функция: родители могли наречь ребёнка Кижакой, надеясь, что злое имя отпугнёт нечистую силу, и мальчик вырастет красивым и здоровым.

Обратим внимание на словообразовательную модель. Фамилия образована с помощью патронимического суффикса -ин, который в русской традиции присоединялся к основам на -а, -я. Изначально фамилия могла звучать как Кижайкина — от формы Кижайка. Однако со временем звук «й» выпал, и фамилия приобрела современный, более удобный для произношения вид: Кижакин (в женском роде — Кижакина). Таким образом, человек, предка которого звали Кижака или Кижайка, со временем получил фамилию Кижакин.

Это редкий случай, когда в основе фамилии лежит не славянское, а финно-угорское имя, что указывает на возможные мордовские корни рода. В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, модель на -ин здесь не типична для русских фамилий от имён на твёрдый согласный, но абсолютно закономерна для имён, оканчивающихся на -а. Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья, где исторически проживали эрзяне, однако точных данных о сословной принадлежности носителей нет.