Фамилия Кажакин — редкий случай, когда суффикс -ин указывает не на отчество, а на прозвище. В русской модели фамилий -ин обычно присоединяется к основам на -а/-я (Смирнов — Смирнин), но Кажакин образован от слова «кажак». Это и есть главный ключ к происхождению.

Скорее всего, в основе лежит диалектное «кажак» — так в южнорусских говорах и на Украине называли кожух, то есть тулуп из овчины, крытый сукном. Человек, носивший такой кажак или шивший их, мог получить прозвище Кажак. Фамилия Кажакин — «сын Кажака» или «из семьи Кажака». Связь с ремеслом (скорняк, овчинник) — самая прямая версия.

Суффикс -ин здесь работает не по правилу отчества от имени на -а (как в фамилиях Пушкин, Ильин), а по модели от прозвища на твёрдый согласный, которое в народной речи могло звучать как «Кажак». В официальных документах XIX века такие фамилии нередко записывали с -ин, хотя по строгой норме логичнее было бы -ов (Кажаков). Именно эта нестандартная модель — одна из примет фамилий, сложившихся в крестьянской среде, где письменная фиксация часто шла на слух.

Другая, менее вероятная версия — от имени собственного Кажак, которое могло быть производным от крестильного имени Касьян (в народной форме Кажан). Но тогда фамилия была бы Кажанов или Кажанкин. Версия с кожухом-кажаком выглядит убедительнее: она объясняет и редкое окончание, и связь с бытовым прозвищем.

Фамилия встречается в основном в центральных областях России, особенно в Тамбовской и Рязанской губерниях, где был развит овчинный промысел. Встречаются также варианты Кажаков и Кажакин — разница в написании отражает колебания при оформлении фамилий в метрических книгах. Носители фамилии Кажакин, скорее всего, потомки ремесленников-скорняков или людей, получивших прозвище за привычку носить характерный тулуп.