Фамилия Кажаева принадлежит к числу русских фамилий тюркского происхождения. В её основе лежит мужское имя Кожай, которое восходит к персидской именной основе «хожа» (или «ходже») — «начальник, глава семьи, хозяин, владелец, господин, учитель, мудрец». В древнетюркском языке компонент «ай» имел целый спектр положительных значений: «месяц»; «красивый, ценный; святой; чистый, светлый, лучистый; умный; дорогой; обильный; счастливый; полный». Таким образом, имя Кожай можно толковать как «светлый господин» или «мудрый, как месяц».

Есть и другая версия, более прозаичная. Согласно ей, фамилия Кажаева ведёт начало от прозвища Кажай — тюркского варианта русского слова «кожевник», то есть мастера по выделке шкур. В этом случае фамилия относится к «профессиональным» именованиям, напрямую указывая на род занятий предка. Какая из гипотез верна для конкретной семьи, сказать сложно: обе имеют право на существование, и выбор зависит от региональных и исторических особенностей.

Сама фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или й. В данном случае от имени Кожай (с конечным -й) закономерно получилась форма Кажаев, а от неё — женский вариант Кажаева. Окончательно говорить о точном месте и времени возникновения конкретного рода Кажаевых можно лишь на основании генеалогических исследований, но в целом фамилия типична для регионов с сильным влиянием тюркской и персидской культур — Поволжья, Урала, южных областей России.