Фамилия Кажарина — женская форма, а мужская, Кажарин, образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Кажарин буквально значит «сын Кажары» или «человек из семьи Кажары». В основе лежит прозвище или нецерковное имя Кажара.

Что такое «кажара»? Тут возможны два основных объяснения. Первое — диалектное. В южнорусских говорах, особенно на Дону и Кубани, «кажара» или «кажарка» — это кожаная куртка, короткий полушубок, безрукавка из овчины. Прозвище Кажара могли дать либо кожевнику, скорняку, либо человеку, который постоянно носил такую одежду, — иначе говоря, за характерную деталь облика. Второе — фонетический вариант имени Казара (от «козар» или «хазар»), но это объяснение менее надёжно: связь с древним народом скорее книжная, чем бытовая.

Фамилия Кажарин (и Кажарина) встречается преимущественно в тех же регионах, где бытует слово «кажара» в значении «кожаная одежда»: в Ростовской, Волгоградской, Воронежской областях, а также на Кубани. Это указывает на донское или южнорусское происхождение. В центральных и северных областях фамилия редка.

Интересная деталь: в писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются прозвища Кожара, Кожарин — они того же корня, но с полногласием «о». Форма на «а» (Кажара) могла закрепиться под влиянием акающих говоров, где «о» в безударной позиции произносится как «а». Так что Кажарин и Кожарин — это, скорее всего, не разные фамилии, а орфографические варианты одной и той же.