Фамилия Качарина принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от женского имени или прозвища с помощью суффикса -ин. Вопреки интуиции, в основе здесь не обязательно лежит глагол «качать». Самое прямое объяснение — происхождение от прозвища или нецерковного имени Качара. В русских говорах «качара» — это селезень, то есть самец утки. Прозвище могли дать человеку за походку вразвалку, за неуклюжесть или, наоборот, за любовь к воде. В таком случае Качарина — отчество по матери: «чья?» — Качарина, то есть дочь или вдова человека по прозвищу Качара. Мужской вариант фамилии — Качарин.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским именем Качар (встречается у татар и башкир) или с диалектным словом «качар» в значении «беглец», «бродяга». Однако для центральной России, где фамилия встречается чаще всего, версия с «селезнем» выглядит убедительнее благодаря прозрачной славянской аналогии: в том же ряду стоят фамилии Уткин, Гусев, Лебедев.

Географически Качарины — не редкая фамилия в Поволжье, особенно в Самарской и Ульяновской областях, а также на Урале. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами: фамилии на -ин в русской среде исторически закреплялись за простыми сословиями, в отличие от дворянских на -ов/-ев.

Интересная деталь: фамилия Качарина (с ударением на второй слог) иногда путают с Качариной (ударение на третий слог) — от имени Катерина через диалектное «Кача». Но это разные фамилии. Наша Качарина — продукт народной прозвищной культуры, а не сокращение от крестильного имени.