Фамилия Качарин образована от прозвища или имени Качар. В её основе лежит тюркское слово «качар» — «беглец», «изгнанник» или «тот, кто уклоняется». Так в русских говорах могли называть человека, который перебрался на новое место жительства, бежал от повинностей или просто вёл скрытный, неоседлый образ жизни. Встречается и другая версия: в некоторых диалектах «качара» — это утка-нырок, и прозвище могли дать за характерную походку или внешность.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Качарин — «сын Качара» или «человек из семьи Качаров». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ или имён на -а/-я: Качар → Качарин. Интересно, что в той же словообразовательной гнезде стоят фамилии Качаров, Качарский и Качаркин, но Качарин — одна из самых распространённых форм.

Географически фамилия тяготеет к южным и центральным регионам России, особенно к бывшим территориям Дикого поля — современным Белгородской, Воронежской, Ростовской областям. Именно там в XVI–XVII веках оседали беглые крестьяне и служилые люди, и прозвище Качар могло закрепиться за первопоселенцем. В переписных книгах XVII века встречаются отдельные упоминания «Качар» как личного имени или прозвища, но массово фамилия фиксируется позже, после отмены крепостного права, когда крестьянам массово присваивали фамилии по прозвищам предков.

В отличие от фамилий на -ов (Качаров), форма на -ин чаще встречалась в северных и центральных губерниях, но для Качарина география смещена на юг. Это говорит о том, что прозвище бытовало в разных региональных традициях, и фамилия закрепилась именно в той среде, где был распространён суффикс -ин.

Сейчас Качарин — редкая фамилия. Её носители живут в основном в России и на Украине, а также в странах, куда уезжали в XX веке. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не известно, что типично для прозвищных фамилий крестьянского сословия: они не попали в дворянские родословные книги, но сохранили память о конкретном человеке, который когда-то получил прозвище за свой характер или судьбу.