Фамилия Хабалкин образована от прозвища Хабалка. Вероятно, оно ведет свое начало от диалектного глагола «хабалить», который в вологодских говорах имел значение «ругаться, буянить, озорничать». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Хабалка содержало указание на особенности характера и поведения основателя фамилии (вспыльчивость, горячность, озорство). Так и прозвище Хабалка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Хабалкин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Хабалка, со временем получил фамилию Хабалкин.