Фамилия Хабалтуев — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а экспрессивное прозвище. Её ядро — диалектное слово «хабалда» (или «хабалка»). В русских говорах, особенно южных и уральских, так называли грубую, наглую, крикливую женщину, а также неряху или распутницу. Реже слово «хабалить» означало «буянить, шуметь». Прозвище Хабалда (или Хабал) могли дать и мужчине — за вздорный характер, скандальность или неопрятный вид.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к прозвищу Хабалда (в форме Хабалтуй, где конечное -а перешло в -уй по аналогии с другими прозвищами) добавился патронимический суффикс -ев. Формант -ев, а не -ов, указывает, что основа оканчивалась на мягкий или шипящий согласный. Таким образом, Хабалтуев буквально означает «сын Хабалтуя» (или «сын Хабалды»).

География фамилии сегодня довольно размыта, но можно предположить, что её корни — в регионах с активным бытованием слова «хабалда»: Ростовская, Воронежская, Волгоградская области, а также Урал. Интересно, что фамилия не попала в основные своды русских фамилий (например, у Унбегауна или Веселовского), что говорит о её локальном и, вероятно, позднем закреплении — скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии по уличным прозвищам.

Сословно Хабалтуевы почти наверняка происходят из крестьян или мещан. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — слишком откровенное и нелестное прозвище в основе. Прозвище могло быть «охранительным»: в крестьянской среде иногда давали имя-оберег с плохим значением, чтобы отогнать злых духов от ребёнка. Однако более вероятно, что оно отражало реальную черту характера первого носителя — либо его самого, либо его матери (если прозвище перешло от неё).

Других версий происхождения, заслуживающих внимания, нет. Связь с тюркскими языками маловероятна: корень «хабал» в них не прослеживается в близком значении. Фамилия однозначно русская по словообразованию и лексике, хоть и стоит на грани просторечия. Сегодня она встречается единично, что делает её своеобразным маркером — носитель почти гарантированно связан с конкретной семейной историей, уходящей в русскую глубинку.