Фамилия Хабекиров — редкий пример, где географическое происхождение почти наверняка перевешивает любую попытку домыслить значение из русского языка. Носители этой фамилии — почти поголовно кабардинцы или черкесы, искать её корни в славянской ономастике бессмысленно. Это русифицированная (через суффикс -ов) форма адыгской (черкесской) фамилии.

Основа фамилии — личное мужское имя Хабекир (или Хабекиръ). В адыгском языке имена с компонентом «Хаб» (Хьэб) обычно восходят к арабскому «хабиб» — «любимый», «друг» (один из эпитетов пророка Мухаммада). Вторая часть имени, «кир» (кыр), может быть вариантом тюркского «кыр» — «поле», «степь», «равнина», что в组合 даёт «любимый степи» или «степной любимец». Однако правдоподобнее, что перед нами сложное имя, где «-кир» — это фонетическое искажение арабского «карим» («щедрый», «благородный»). Тогда Хабекир — это «любимый и щедрый» или «благородный друг», что типично для мусульманских имён-композитов.

Модель образования типична для кавказских фамилий, попавших в русскую паспортную систему: к основе на согласный добавили русский патронимический суффикс -ов. В самой Кабардино-Балкарии эта фамилия может писаться и без окончания — Хабекир, а в адыгской родовой традиции она звучала бы как Хьэбэчыр (или близко к этому). Приставка «Хьэ» (Ха) в адыгских фамилиях часто указывала на родство по мужской линии или принадлежность к определённому клану.

В сословном плане носители фамилии Хабекировы, скорее всего, относились к свободным общинникам (тфокотлям) или узденям (дворянам) в черкесском обществе, но точных данных о конкретном роде нет. Фамилия не попала в списки высшей княжеской знати, что не делает её менее древней — в горах фамилии такого типа могли фиксироваться веками устной традицией.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог: Хабекиро́в, хотя в русской среде возможен перенос ударения на третий слог (Хабе́киров) по аналогии с фамилиями на -иров.