Фамилия Хабеков — относительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров) или профессий (Кузнецов), основа Хабек явно не славянская. Чтобы понять её смысл, нужно смотреть в сторону тюркских языков, и конкретно — в сторону адыгского (черкесского) и карачаево-балкарского ареала.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с мусульманским именем Хабиб (в переводе с арабского — «любимый», «друг»). В тюркской среде это имя нередко переходило в форму Хабек через характерные фонетические изменения: упрощение конечного звука или адаптацию под местные диалекты. Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилии, типичную для народов Кавказа, которые в XIX–XX веках получали паспорта и записывались по-русски. Таким образом, Хабеков — это буквально «сын Хабека», где Хабек — народная форма имени Хабиб.

Есть и альтернативная, менее распространённая версия. В некоторых тюркских языках слово «хабек» или близкое к нему могло означать «смотритель», «сторож» или относиться к некоему ремеслу. Однако эта гипотеза слабее, так как не подкрепляется широким распространением прозвищ с таким корнем в ономастических справочниках. Имя Хабиб как основа встречается в фамилиях Хабибов, Хабиев, Хабибуллин, и Хабеков логично вписывается в этот ряд как региональная вариация.

Географически фамилия Хабеков тяготеет к Северному Кавказу, особенно к Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. Носители этой фамилии — в основном потомки адыгов (черкесов) или тюркских народов региона, которые приняли русскую фамильную модель. Сословно предки Хабековых могли быть как узденями (свободными общинниками), так и княжескими родами, но без конкретных генеалогических записей определить это сложно.

Фамилия не имеет отношения к деятельности, связанной с «хабом» или «хобби» — это чисто внешнее созвучие. Её корни уходят в исламскую культуру и кавказскую историю, а суффикс -ов просто «обрусел», закрепив фамилию в документах Российской империи.