Фамилия Халбеков является фонетическим вариантом имени Холбеков, которое происходит от тюркского мужского имени Холбек. Первая из них ведет начало от слова «хол», что означает «родинка». Если ребенок рождался с родинкой, ему давали имя с компонентом «хол». Если родинку обнаруживали по прошествии значительного времени с момента рождения ребенка, ему давали новое имя, в состав которого входило слово «хол». Так произошли имена Хол, Холмат, Холмурод и другие. Вторая часть имени восходит к тюркскому «бек» - «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Таким образом, потомок человека, которого звали Холбек, со временем получил фамилию Халбеков.