Фамилия Халбекова — это не самостоятельное имя, а фонетический вариант фамилии Холбеков. Такое написание закрепилось из-за особенностей произношения: в ряде тюркских говоров звук «о» в безударной позиции редуцируется и слышится как «а», что со временем отразилось и в документах. Поэтому, чтобы понять смысл фамилии, нужно разобрать её исходную форму — Холбеков.

Основа фамилии — составное тюркское мужское имя Холбек. Оно состоит из двух частей, и каждая несёт свой смысл. Первый компонент, «хол», означает «родинка». У многих тюркских народов родинка считалась особым знаком: если ребёнок рождался с родинкой, ему давали имя с этим словом. Если же родинку замечали не сразу, а спустя время, ребёнку могли дать дополнительное имя, куда тоже входил компонент «хол». Так появились имена Хол, Холмат, Холмурод и другие. Вторая часть имени — «бек» — один из древнейших тюркских титулов: «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин».

Соединившись, эти части образовали имя-оберег: человек, которого назвали Холбеком, оказывался под защитой и знатного титула, и счастливой приметы. Потомки этого человека со временем получили фамилию Холбеков, а в произношении и написании она закрепилась как Халбекова. Суффикс -ов указывает на принадлежность: буквально фамилия отвечает на вопрос «чей?» — сын, внук или потомок Холбека.