Фамилия Холбекова происходит от тюркского мужского имени Холбек. Первая из них ведет начало от слова «хол» - «родинка». Если ребенок рождался с родинкой, ему давали имя с компонентом «хол». Если родинку обнаруживали по прошествии значительного времени с момента рождения ребенка, ему давали новое имя, в состав которого входило слово «хол». Так произошли имена Хол, Холмат, Холмурод и другие. Вторая часть восходит к тюркскому «бек» - «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Холбековых можно лишь на основании генеалогических исследований.