Фамилия Хабекс — редкий для русскоязычной среды случай, когда фамильное прозвище пришло из немецкого языка и сохранило иноземную основу. Чаще всего её связывают с немецким прозвищем Habeck, которое восходит к слову Habig — «ястреб». Отсюда и главная версия происхождения: прозвище могли дать человеку, который занимался обучением ловчих птиц для охоты, либо тому, кто внешне напоминал ястреба — чертами лица, острым взглядом или стремительной повадкой. В эпоху, когда соколиная охота была привилегией знати, человек, знающий толк в птицах, выделялся среди прочих, и такое прозвище звучало бы уважительно.

Есть и вторая, менее вероятная версия. Она разлагает прозвище на два немецких корня: Habe — «имущество, собственность» и Beck — «пекарь». Если следовать этой гипотезе, фамилия Хабекс могла указывать на зажиточного пекаря, владевшего собственным делом, или на человека, чьё материальное положение было заметно окружающим. Однако лингвистически такое сложение выглядит натянуто: в немецких фамилиях подобные конструкции встречаются реже, чем простые прозвища от одного корня, поэтому версия с ястребом выглядит убедительнее.

Сама фамилия Хабекс — это не немецкая, а скорее русифицированная или полонизированная форма. В немецком языке фамилия Habeck не имеет окончания -s; оно появляется либо при передаче фамилии через польскую традицию (где -s могло быть остатком родительного падежа), либо как позднейшее русское оформление. Такая особенность делает фамилию интересным примером того, как чужеземное прозвище обрастало местными формами по мере того, как носители переселялись на восток.

Немецкие корни фамилии указывают на то, что предки рода Хабекс, вероятно, происходили из северных или центральных земель Германии, где фамилия Habeck встречается чаще всего. В Россию такие фамилии обычно попадали вместе с переселенцами, приглашёнными на службу или на освоение новых земель, либо через купеческие и ремесленные связи. Точных сведений о том, когда именно первый Хабекс появился в России, нет, но сам факт сохранения редкой формы говорит о том, что род мог быть немногочисленным и держался обособленно.

Словообразовательная модель фамилии проста: основа Habeck или Habig и фамильный суффикс -s, который в русском восприятии стал частью основы. В отличие от типичных русских фамилий на -ов или -ин, здесь нет указания на отца или род занятий в привычном для нас виде — фамилия застыла в форме прозвища, что тоже говорит о её нерусском происхождении.

Если опираться на первую версию, то родоначальник Хабексов был человеком, связанным с охотничьими птицами, — редкая и запоминающаяся профессия. Если же принять вторую, перед нами предок-пекарь, владевший имуществом. Обе версии не противоречат друг другу полностью: обе рисуют образ человека, который чем-то выделялся среди соседей — либо ремеслом, либо достатком, либо внешностью. Выбор между ними остаётся за носителем фамилии, но лингвистически более оправдана «ястребиная» версия.