Фамилия Хабихожина — редкий случай, когда русская модель фамилии (суффикс -ин) накладывается на арабское имя, причём имя составное. Основа — мужское имя Хабихожа, где первая часть «Хаби» (от арабского حبيب — «любимый», «друг») соединяется со второй «хожа» (искажённое «ходжа» — почётный титул наставника, купца или потомка пророка в тюркских и персидских языках). Получается «любимый ходжа» или «возлюбленный наставник». Фамилия образована по простой схеме: к основе Хабихожа добавили притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность (чей? — Хабихожин), а женская форма Хабихожина закрепилась как стандартное окончание для женщин.

Фамилия почти наверняка тюркского бытования — скорее всего, из среды татар, башкир или народов Средней Азии, где титул «ходжа» широко распространён. В русских документах такие фамилии фиксировались редко, в основном среди мусульманских общин Поволжья или Казахстана, где фамилии на -ов/-ев и -ин стали массово присваивать при советской паспортизации. До этого носители могли не иметь фамилии вовсе, а пользоваться отчеством или родовым прозвищем.

Интересная деталь: написание «Хабихожина» с буквой «и» после «х» (а не «Хабиходжина» или «Хабихожа») выдаёт народную адаптацию арабского имени через тюркское произношение. В арабском звук «дж» (в слове «ходжа») часто заменяется на «ж» в тюркских языках, отсюда и «хожа», а не «ходжа». Встречаются однокоренные фамилии Хабибуллин, Хабиров, но Хабихожина стоит особняком — она удерживает полное составное имя, а не только первую его часть.

Социально предки носительницы фамилии, скорее всего, относились к духовенству или купечеству — титул «ходжа» не давали простолюдинам без связей. Однако без генеалогических данных точное сословие назвать нельзя: в советское время фамилия могла закрепиться за крестьянами или рабочими, чьи предки когда-то носили это имя.