Фамилия Хаббихожин — редкий случай, когда арабское имя и русский суффикс встретились в одной словоформе. В основе лежит мужское имя Хаббиходжа (Хабби-Ходжа), где первая часть «Хабби» восходит к арабскому «хабиб» — любимый, друг (ср. Хабиб, Ахмад-хабиб), а вторая — «ходжа» (перс.-тюрк. ходжа) означает господин, наставник, хозяин или потомок пророка. Таким образом, имя Хаббиходжа буквально переводится как «любимый господин» или «дорогой наставник».

Русский суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Хаббихожин, то есть сын или потомок человека по имени Хаббиходжа. Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде татар, башкир, казахов и других тюркоязычных народов, которые входили в состав Российской империи и получали русские окончания при оформлении документов. Фамилия почти наверняка происходит из Поволжья, Приуралья или Западной Сибири — регионов, где смешивались исламские имена и русская административная традиция.

Интересно, что написание с двумя «б» (Хаббихожин) — не ошибка, а точная передача арабской удвоенной согласной в имени Хабиб. Встречаются варианты Хабибходжин, Хабибходжаев, но форма Хаббихожин фиксирует именно произносительную норму, где удвоение сохраняется. Фамилия очень редкая: в открытых базах данных она практически не встречается, что говорит либо о малочисленности рода, либо о сильном искажении при переписях.

По социальному происхождению носители, скорее всего, относились к духовенству или купечеству: имя Ходжа в тюркской среде часто давали детям мулл, имамов или зажиточных торговцев, связанных с мусульманскими общинами. Крестьяне редко носили столь почетное прозвище.