Фамилия Хабихузин — редкий пример фамилии, образованной от полного арабского имени с двумя основами, что сразу отличает её от более массовых фамилий на -ин, произошедших от однословных прозвищ. В основе лежит мужское имя Хабихуза, которое представляет собой сращение двух арабских корней: «хабиб» (любимый, друг) и «хуза» (в значении «обладающий», «владеющий» или как часть имени Хузайфа). Буквально имя можно истолковать как «любимец обладателя» или, по другой версии, «любимый, как Хузайфа» (Хузайфа — имя сподвижника пророка Мухаммеда). Суффикс -ин указывает на принадлежность: Хабихузин — «сын Хабихузы» или «из рода Хабихузы».

Основной ареал фамилии — Татарстан и Башкортостан, а также соседние регионы с компактным проживанием татар и башкир. Это неслучайно: арабские имена в тюркской среде часто адаптировались, сохраняя исходное звучание, но теряя артикли и падежные окончания. В русской письменности фамилия закрепилась в форме, близкой к татарскому произношению, без характерной для русского языка редукции гласных. Стоит обратить внимание, что ударение, скорее всего, падает на последний слог — Хабиху́зин, хотя в некоторых говорах возможен перенос на второй слог.

Родственные фамилии — Хабибуллин, Хабибов, Хабиров — построены по той же модели, но от разных форм корня «хабиб». Хабихузин стоит особняком: если Хабибуллин (от «хабибулла» — любимец Аллаха) широко распространён, то вариант с «хуза» встречается намного реже. Это может говорить о том, что предок носителя фамилии был назван не в честь божественного атрибута, а в честь конкретного человека или персонажа, возможно, местного уважаемого старейшины, носившего составное имя.

Сословная принадлежность первых носителей точно не установлена, но по косвенным признакам (редкость, тюркская основа, отсутствие дворянских гербов) можно предположить, что фамилия возникла в среде крестьян или ремесленников Поволжья в XVIII–XIX веках, когда фамилии у татар и башкир начали массово фиксироваться в метрических книгах. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией в открытых источниках не значится, что только усиливает её локальный, семейный характер.