Фамилия Хадаханэ — редкая и географически привязанная, её корни ведут на Кавказ, а точнее — в Осетию. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных суффиксами -ов/-ев или -ин, Хадаханэ имеет совершенно другую модель: это осетинская фамилия, оформленная по образцу грузинских. Суффикс -ани (-ане) в грузинском языке указывает на принадлежность к роду или знатному дому, а конечное -э — это русская или осетинская адаптация окончания.

Основа фамилии — «Хадах» или «Хада». В осетинском языке «хæдæг» (хадæг) переводится как «пеший», «идущий пешком», но в контексте фамилий это прозвище могло означать не столько способ передвижения, сколько социальный статус — человека без коня, пешего воина или слугу. Вторая, более правдоподобная версия, связывает основу с арабским именем Хади (ведущий, указывающий путь), которое через тюркское посредничество попало в осетинскую антропонимику. В таком случае Хадаханэ — это «потомок Хади» или «из рода Хадаха».

Фамилия бытует преимущественно среди осетин-дигорцев (западная часть Северной Осетии). В XIX веке носители фамилии фиксировались в селениях Дигорского ущелья, например, в селе Махческ. Сословно это были в основном свободные общинники (фарсаг), а не знатные алдары, хотя сама модель фамилии на -ани в Осетии часто ассоциировалась с уважаемыми родами. Специфика фамилии в том, что её окончание в русском языке застыло: в документах и быту она не склоняется по падежам (нет формы «Хадаханэм»), что сразу выдает её нерусское происхождение. Для сравнения: однокоренные осетинские фамилии — Хадаев, Хадиков, где суффиксы уже русские, а основа та же.