Фамилия Халапханова — женская форма, мужской вариант — Халапханов. В её основе лежит тюркское или кавказское личное имя или прозвище, что сразу отсекает распространённые славянские модели на -ов/-ев. Фамилия явно нерусская по корню, и её разбор требует обращения к языкам народов Северного Кавказа или Поволжья.

Скорее всего, в основе лежит имя Халапхан (или Халап-хан), где вторая часть — «хан» (титул правителя, военачальника, уважаемого человека). Первая часть «Халап» может восходить к арабскому «халиф» (заместитель, преемник) или к тюркскому «калап» (форма, образец, подобие). В таком случае Халапхан — составное имя со значением «хан-заместитель» или «хан, достойный подражания». Встречается мнение, что «халап» — это искажённое «галап» (чеченское «город» или «крепость»), но это менее вероятно, так как суффикс -ов/-ев указывает на адаптацию через русскую канцелярию, где исходная форма имени фиксировалась как Халапханов.

Географически фамилия тяготеет к Чечне, Ингушетии и Дагестану, что подтверждается данными переписей и телефонных справочников. Носители фамилии Халапхановы — потомки человека, которого в документах записали как Халапхана. Фамилия сохранила старую тюркскую или арабо-тюркскую модель именования, где к личному имени добавляли указание на происхождение или статус, а затем, при вхождении в состав Российской империи, оформили её русским патронимическим суффиксом. Это не дворянская фамилия, а родовая метка, возникшая в среде горских народов в XIX–XX веках.