Фамилия Халефова — женская форма фамилии Халефов, и её происхождение связано с арабским или тюркским миром, а не с исконно славянскими корнями. Основа фамилии — имя или прозвище Халеф, которое восходит к арабскому «халиф» (خليفة) — «наместник», «преемник», «заместитель». В исламской традиции халиф — верховный правитель, но в бытовой среде это имя давали как знак уважения или в честь религиозного деятеля. В тюркских языках, например в татарском или башкирском, имя Хәлиф (Халеф) также распространено, и оно могло перейти в русские фамилии через крещёных татар или народов Кавказа.

Суффикс «-ов» указывает на типичную русскую модель образования фамилий от отчества: сын Халефа становился Халефовым, а дочь или жена — Халефовой. Такая модель закрепилась в XVI–XIX веках, когда нерусские народы, входившие в состав Российской империи, получали фамилии по отцу с русскими окончаниями. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Хале́фова, хотя в разговорной речи возможны варианты.

Географически фамилия Халефова встречается в регионах с татарским, башкирским или кавказским населением — в Татарстане, Башкортостане, а также в Дагестане, где арабские имена особенно популярны. Встречается она и у азербайджанцев, но реже. В дореволюционных источниках фамилию могли записывать как Халефовъ, а в метрических книгах — с двойной буквой «ф» (Халлефова), что отражает колебания в передаче арабского звука.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на «-ов», образованных от славянских имён или прозвищ, Халефова не имеет варианта с суффиксом «-ев» (Халефева) — это указывает на твёрдую основу. Встречаются и родственные фамилии — Халифов, Халипов, Халифаев, но Халефова стоит особняком: в ней сохранился более архаичный вариант произношения арабского слова через «е», а не через «и». Это может говорить о том, что предки носителя фамилии усвоили имя через тюркское посредничество, где «халиф» мог звучать как «хәлеф».