Фамилия Халафова — женская форма от Халафов, а та, в свою очередь, восходит к мужскому личному имени Халаф. Это имя арабского происхождения, в основе которого лежит корень со значением «сменять», «наследовать», «приходить на смену». В арабской ономастике имя Халаф нередко давали в пожелательном смысле: чтобы сын стал «преемником» отца, продолжил его дело и род. Таким образом, человек с фамилией Халафов — потомок того, кого звали Халафом.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа Халаф и русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — Халафов сын). Встречается и вариант написания с буквой «з» — Халяфов, что отражает диалектное произношение (аканье или замена глухого на звонкий в потоке речи). Оба варианта означают одно и то же.

Географически фамилия распространена в регионах, где исторически сильны тюркские и кавказские языки, а также среди народов, исповедующих ислам: в Азербайджане, Дагестане, Чечне, среди татар и башкир. Встречается она и у русских, но чаще всего как наследие смешанных браков или переселений. В дореволюционных источниках фамилия фиксируется в Закавказье и на Северном Кавказе.

Сословная принадлежность носителей фамилии Халафов неоднородна. В XIX веке среди них были и крестьяне, и горожане, и духовные лица (муллы), и даже представители купечества. Связывать фамилию с каким-то одним ремеслом или занятием предков нельзя — она указывает исключительно на личное имя родоначальника.