Фамилия Халафтаев — редкий случай, когда географический след и основа прозвища просматриваются почти однозначно. Она явно тюркского происхождения и образована от имени Халафтай. В основе лежит арабское имя Халаф (خلف) — «преемник», «сменяющий», «идущий следом». В тюркской среде к нему добавили ласкательно-уменьшительный аффикс -тай, который характерен для многих личных имён (сравните: Арслантай, Каратай, Токтай). Так Халаф превратился в Халафтая — «маленький Халаф» или «Халаф, которого ласково называют».

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от имён на мягкий согласный или -й. По правилам русской грамматики, от основы Халафтай фамилия закономерно получила форму Халафтаев, а не Халафтайев. Это стандартная адаптация тюркских имён в русской среде.

География фамилии узкая и показательная. Основной массив носителей Халафтаевых сосредоточен в Дагестане и среди донских и терских казаков. Это объяснимо: в зоне активных контактов русского казачества с горскими и тюркскими народами такие фамилии возникали часто. Предок мог быть выходцем из кумыков, ногайцев или азербайджанцев, принявшим православие, либо казаком, получившим прозвище по соседу или свойственнику-иноверцу.

Версия о том, что основа восходит к арабскому «халиф» (наместник), менее убедительна. Звуковой переход «халиф» → «халаф» возможен, но маловероятен, потому что арабское «халиф» в тюркских языках обычно даёт формы Халиф, Калиф, а не Халаф. Имя Халаф — самостоятельное и широко распространённое, так что именно оно — самый надёжный источник.

Сословно фамилия не маркирована: Халафтаевы встречались и среди крестьян, и среди казаков, и среди мещан. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано. В современной России фамилия остаётся малочисленной, но устойчивой — её носители живут в основном на юге страны.