Фамилия Халифатова — один из тех случаев, когда на слух сразу угадывается заимствованная основа, но её значение не лежит на поверхности. В основе лежит арабское слово «халиф» — титул верховного правителя у мусульман, преемника пророка Мухаммеда. Однако напрямую прозвищем «халиф» в русской среде называли не самого правителя, а, скорее всего, человека с властным, требовательным характером или того, кто в своей общине пользовался непререкаемым авторитетом. В тюркских языках, откуда слово пришло в русские говоры, «халиф» могло звучать как «калип» или «халип», и это имя-прозвище давали нередко.

Модель образования — классическая русская патронимическая. Суффикс -ов- (в женском роде -ова) указывает на принадлежность: «Халифатова» буквально означает «дочь (или жена) Халифата». Мужская форма — Халифатов. Здесь важно обратить внимание на суффикс -ат- в основе. Он не типичен для русского словообразования и выдает тюркское или арабо-тюркское влияние. Скорее всего, исходное прозвище звучало как «Халифат» — так называли человека, который держался по-царски, или же это была форма имени Халиф с тюркским увеличительным или почтительным суффиксом. Встречается и версия, что «Халифат» — это прозвище грамотея или человека, знающего законы шариата, поскольку халифат — это ещё и форма правления.

Географически фамилия распространена в тех регионах, где исторически были сильны тюрко-татарские и кавказские влияния: в Поволжье (Татарстан, Башкортостан), на Северном Кавказе, а также у астраханских и крымских татар. Встречается она и у русских, но почти всегда — как следствие смешанных браков или крещения носителей тюркских прозвищ в XVI–XVII веках.

В отличие от фамилий на -ин (Халифин), которые образуются от основ на -а/-я, форма Халифатова закрепилась за основой на твёрдый согласный. Это косвенно указывает на то, что прозвище «Халифат» воспринималось как полноценное имя, а не как усечение. Сословной принадлежности одной для всех носителей нет: среди Халифатовых были и крестьяне, и купцы, и духовные лица. В метрических книгах XIX века эта фамилия встречается у татарских мулл и у русских мещан, что говорит о её давней адаптации в разных средах.