Фамилия Халифатов — редкий пример русской фамилии, образованной от арабского титула через тюркское посредничество. Основа — «халифат» (араб. خلافة, «наследование», «наместничество»), обозначавшая в исламском мире верховное правление, преемника пророка Мухаммеда. Однако носитель фамилии вряд ли был потомком халифов: в русской среде такие фамилии чаще давали не по крови, а по прозвищу.

Прозвище Халифат могли получить несколько типов людей. Первый — человек, служивший при мусульманском духовенстве или в среде, где титул был на слуху (например, переводчик, купец, толмач на восточных границах). Второй — ироничное прозвище: в крестьянской среде «халифом» могли назвать зазнайку, важного или ленивого мужика, который «командует, как халиф». Третий вариант — фамилия могла возникнуть у татарских или башкирских мурз, перешедших на русскую службу и получивших землю, где фамилию русифицировали суффиксом -ов.

Суффикс -ат- в основе — необычная деталь. В русских фамилиях он встречается редко, чаще в заимствованных словах (солдат, адвокат). Здесь он указывает, что прозвище было образовано от книжного, «учёного» слова, а не от бытового. Сравните с более частыми однокоренными фамилиями: Халифов (от «халиф») или Халилов (от арабского имени Халил). Халифатов стоит особняком — по сути, это фамилия от названия института власти, а не от личного имени или профессии.

Географически фамилия тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также к казачьим областям Урала и Нижнего Поволжья, где исторически смешивались русские и тюркские фамилии. В центральной России она почти не встречается.

По сословной принадлежности Халифатовы могли быть как государственными крестьянами (особенно в восточных губерниях), так и выходцами из мелкого служилого татарского дворянства. Точных данных о дворянских родах с этой фамилией нет — скорее всего, она осталась в простонародье.