Фамилия Халифаев произошла от имени Халифай, которое восходит к двум словам: «халиф» и «ай». Слово «халиф» в переводе с арабского на русский язык означает «продолжатель чьего-либо дела, наследник, спутник, заместитель». Также у арабов слово «халиф» означал титул государя, являвшегося также духовным главой мусульман и почитавшегося в качестве преемника пророка Мухаммета. Слово же «ай» в древнетюркском языке имело следующие переносные значения: «красивый, ценный; святой; чистый, светлый, лучистый; умный; дорогой; обильный; счастливый; полный» и др. Вероятно, родители, нарекая ребёнка таким именем, желали своему сыну стать достойным мусульманином, что неудивительно для традиционного общества, в котором огромное значение придаётся религии. Таким образом, потомок человека, которого звали Халифай, со временем получил фамилию Халифаев.